Курортне містечко Ель Кузейр має довгу і славну історію. Археологічні знахідки свідчать, що ще в 7 тисячолітті до н. е. на території сучасного Ель Кузейру існували поселення людей. У печерах, розташованих на узбережжі Червоного моря, неподалік від Ель Кузейру, були знайдені предмети і знаряддя праці, вироблені культурою кам’яного віку. Це стародавні сокири, ножі, наконечники для стріл, виконані з граніту, а також наскельний живопис. Ще в епоху античності Ель Кузейр був добре відомий як велике портове місто. У I ст. до н.е. Біла Гавань, як тоді називали Ель Кузейр, був найбільшим портом Червоного Моря. Це місто не втратило свого значення і в епоху турецького панування. У XVI ст. за наказом султана Селіма тут була побудована грізна фортеця, що стала найважливішим опорним пунктом Османської імперії в регіоні. Це місто стало ключем до Середземного моря – завдяки йому турки могли контролювати торгові шляхи, що ведуть з Європи та Азії до Індії. У новітній час місто багато в чому втратило своє військове значення. Зате тут були відкриті поклади фосфатів, завдяки чому Ель Кузейр обзавівся шахтами й став одним з місць активного видобутку фосфору. Зараз всі шахти закриті та місто вступило в нову фазу свого розвитку – вже як найважливішого курортного центру.